Après l’échec de la restauration monarchique et la mise en place de la République en 1873, la question de la séparation des Églises et de l’État ne cesse de se poser. Les républicains au pouvoir craignent encore l’Église catholique, dont l’influence dans la société reste très importante. Fervents partisans de la laïcité et attachés à la science et au progrès, ceux-ci condamnent en effet l’influence néfaste de l’église qui est accusé d’entretenir l’obscurantisme des populations par l’intermédiaire des congrégations religieuses chargé d’enseignement. En 1879, Jules Ferry est nommé ministre de l’Instruction publique et devenu président du Conseil en septembre 1880 poursuit ses réformes en faveur de la laïcité. Dès les années 1880, la République affirme sa laïcité : elle prend ses distances avec la papauté, écarte les religieux de l’enseignement et instaure l’école publique primaire laïque, gratuite et obligatoire, tout en refusant la liberté d’association aux congrégations religieuses. Il s’agit en fait d’une revendication ancienne et essentielle des républicains dont l’anticléricalisme s’apparente à une « foi laïque », rationaliste et positiviste, en partie issue des Lumières. Le progrès, la science, l’éducation devaient faire reculer l’ignorance, l’obscurantisme et la superstition. Le pouvoir civil devait soumettre le pouvoir religieux et l’exclure de la vie politique et de la société.
En 1901, une loi place les congrégations sous le régime des associations et les soumet à autorisation préalable. L’arrivée à la tête du gouvernement l’année suivante du radical-socialiste Émile Combe, ancien séminariste et un des plus virulents républicains opposé au rôle politique et sociale de l’Église, accentue la pression laïque. En 1903, il fait voter l’expulsion des congrégations non autorisées et leur interdit toute fonction d’enseignement l’année suivante. Puis le 29 juillet 1904, le gouvernement décide de rompre les relations diplomatiques avec le Vatican. Dès lors, la voie est ouverte à la séparation de l’Église et de l’État, celle-ci est inéluctable. Ce n’est pourtant pas à Combe que l’on devra cette loi de Séparation des Églises et de l’État car il est contraint de démissionner en janvier 1905, suite à l’affaire des « fiches ». Mais il a cependant influencé en grande partie les travaux qui, après 9 mois de débats houleux aboutiront à l’élaboration de cette loi et à son vote par le Sénat le 6 décembre 1905 à 179 voix contre 103. Le 9 décembre 1905 est promulguée la loi concernant la séparation des Eglises et de l’Etat. C’est Maurice Rouvier, alors président du Conseil, qui la signe aux côtés du président de la République, Émile Loubet. Celle-ci est publiée au Journal officiel le 11 décembre; elle proclame la liberté de conscience, garantit le libre exercice des cultes et met fin au Concordat napoléonien de 1801. La France devient un état laïque et la religion appartient désormais à la sphère privée.
Le 9 décembre 1905, le député socialiste Aristide Briand (43 ans) et futur prix Nobel de la paix (1926) adepte de la laïcité fait voter la loi concernant la séparation des Églises et de l’État mettant fin à un siècle de Concordat napoléonien, sonnant le glas des subventions publiques aux religions, ne laissant à l’état que l’entretien des lieux de culte existants. « La République assure la liberté de conscience » et « garantit le libre exercice des cultes » mais « ne reconnaît, ne salarie ni ne subventionne aucun culte« , dit le texte. Si Protestants et juifs l’accepte, il n’en va pas de même avec l’Église catholique, le pape Pie X le condamnant immédiatement avec fermeté et son application suscitera des remous pendant de nombreuses années. Le gouvernement Clemenceau aura ainsi à gérer la crise des inventaires des biens mobiliers de l’église qui en découlera et donnera lieu à des nombreuses manifestations de violence. Il faudra attendre 1924 et des négociations avec le pape pour que l’Église catholique entre dans ce cadre. La voix de l’équilibre Républicain s’ouvre enfin.
Proclamée une première fois pendant la Révolution le 21 février 1795, (Cette première séparation prendra fin en 1801 par l’instauration sous Napoléon du Concordat.) puis une deuxième fois par la Commune de Paris, la séparation des églises et de l’État fut enfin établie par la loi du 9 décembre 1905, qui apparaît comme la « clé de voûte » de la « laïcité à la française ». Jean Jaurès et Aristide Briand jouent un rôle important dans la loi de séparation de l’église et de l’état du 9 décembre 1905. Grand acte fondateur de la laïcité républicaine, le mot “laïcité” ne figure pourtant pas dans la loi de 1905. A cette époque, la notion essentielle est celle de « séparation » c’est-à-dire la suppression du « service public des cultes » financé par l’État depuis le Concordat de 1801, et son remplacement par un régime de droit privé fondée sur les associations cultuelles.
“La morale laïque, c’est-à-dire indépendante de toute croyance religieuse préalable, et fondée sur la pure idée du devoir, existe; nous n’avons point à la créer. Elle n’est pas seulement une doctrine philosophique ; elle est devenue, depuis la Révolution française, une réalité historique, un fait social, car la Révolution, en affirmant les droits et les devoirs de l’homme, ne les a mis sous la sauvegarde d’aucun dogme. Elle n’a pas dit pas à l’homme : que crois-tu? Elle lui a dit: Voilà ce que tu vaux et ce que tu dois; et, depuis lors, c’est la seule conscience humaine, la liberté réglée par le devoir, qui est le fondement de l’ordre social tout entier.” Pour la Laïque Jean Jaurès 1892. Après des siècles de monarchie de droit divin et des décennies de querelles autour du clergé, cette loi de séparation s’inscrit dans la logique de laïcisation entreprise avec les lois des années 1880 sur l’école publique ou celle de 1901 sur les associations. La laïcité est une valeur républicaine est un principe constitutionnel. Elle s’inscrit dans la Déclaration des droits de l’homme et du citoyen, par les articles 10 et 11.:
Art. 10. Nul ne doit être inquiété pour ses opinions, même religieuses, pourvu que leur manifestation ne trouble pas l’ordre public établi par la Loi.
Art. 11. La libre communication des pensées et des opinions est un des droits les plus précieux de l’Homme : tout Citoyen peut donc parler, écrire, imprimer librement, sauf à répondre de l’abus de cette liberté dans les cas déterminés par la Loi.
Elle reçoit son acceptation républicaines par la loi de 1905 qui pose la liberté de conscience et confie à la République le devoir de l’assurer.
